En 1955 se crea en el antiguo Hospital de Niños Manuel Arriarán el Laboratorio de Investigaciones Pediátricas, en el que se agruparon profesionales de la Universidad de Chile y del Ministerio de Salud, con el propósito de realizar investigación clínica en el campo de la pediatría. En 1956 el Dr. Francisco Beas Franco, al lado de una pequeña sala de exploración funcional, inicia el primer policlínico dedicado a niños con afecciones endocrinas y en 1962 organiza la Unidad de Endocrinología y Genética del Niño y del Adolescente, totalmente inédita en Chile. Más tarde el Laboratorio de Investigaciones Pediátricas y los policlínicos de endocrinología y genética se trasladaron al edificio de calle Amazonas, incorporando ginecólogas infantiles y desarrollando una unidad de hospitalización para exploración funcional de pacientes endocrinos, genéticos y metabólicos.  

La Dra. Rossalyn S. Yallow, Premio Nobel de Medicina, visitó y asesoró al Dr. Beas y su grupo en el montaje y determinación por RIA de hGH en el plasma, punto de partida para impulsar un Laboratorio de Radioinmunoanálisis. Paralelamente, se creó un Laboratorio de Genética, dotado de alta tecnología y destinado, entre otros aspectos, a prestar consejería.

En el año 1973, siendo el Dr. Beas Director del Departamento Materno Infantil y de acuerdo con el Decano de la Facultad de Medicina, Profesor Luis Hervé L., se invitó al Dr. Luigi Devoto Canessa, gineco-obstetra, a formar parte del Laboratorio de Investigaciones Pediátricas, quien junto a un grupo de profesionales organizó la Unidad de Reproducción Humana, única de su tipo en una institución pública del país, orientada al estudio y asistencia especializada de la infertilidad.

En el año 1979 se crea el Centro de Investigaciones Materno Infantil y se produce el traslado desde su antiguo edificio en calle Amazonas al nuevo Hospital Paula Jaraquemada (actual Hospital San Borja Arriarán). A partir de esa fecha el Centro es reconocido como un servicio de apoyo al Hospital y su director tiene la calidad de Jefe de Servicio, con todas las atribuciones y responsabilidades que contempla el Estatuto Administrativo vigente.

En 1988, a petición del Decano de la Facultad de Medicina, Prof. Dr. Aleksandar Goic G., el Rector, Prof. Juan de Dios Vial., creó el Instituto de Investigaciones Materno Infantil (IDIMI) dependiente de la Facultad de Medicina (Decreto Nº 3189/13).

En el año 1989 se firmó un convenio entre la Universidad de Chile y el Servicio de Salud Metropolitano Central, mediante el cual se entregó en comodato dependencias del segundo piso del hospital para laboratorios y planta administrativa, el cual se amplió en los años posteriores, incorporándose, asimismo, pabellones en el quinto piso.

De esta forma, el IDIMI cuenta en la actualidad con un respaldo jurídico, una planta de recursos humanos, presupuesto propio y una planta física cedida en comodato.